胃癌是全球致死性排行第三的惡性腫瘤疾病,且由于東西方飲食生活習慣差異,以我國為首的東亞諸國發病率尤為突出。胃癌具有復雜的患者組織病理及基因組異質性,使臨床患者分層與精準醫療面臨嚴峻挑戰。因此,有效鑒定不同胃癌患者基因組中潛在共性特征,對指導臨床用藥方案、預測療效及患者預后具有重要意義。
允英醫療攜手上海市長征醫院,基于允英自主研發的高效DNA提取技術DNAplus?、先進液相雜交捕獲測序AllNGS?技術聯合生物信息大數據庫分析技術平臺,開展了科研攻關,并首次報告對于老年或攜帶TP53突變的胃癌患者,存在PIK3CA基因體系突變將導致患者響應免疫治療的幾率提升。
本研究總計入組了288例胃癌患者,其中男性198人(68.8%),女性90人(31.3%)?;颊咂骄挲g60歲,中位年齡61歲,男女隊列年齡無顯著性偏差。所有入組患者均提供腫瘤組織樣本,同時使用允英采血管采集并保存配對血液樣本。樣本中核酸分子經DNAplus?提取后,采用允英AllNGS Panel 639?實體瘤全程管理產品,基于Illumina nextSeq550二代測序平臺在組織與配對血液樣本中檢測了與腫瘤發生、發展及患者用藥指導、預后評估相關的639個基因的全部外顯子與部分內含子上所攜帶的基因胚系及體系變異。
結果發現,入組患者所檢出突變基因與患者基線間相關性極為復雜,為胃癌患者基因組具有高度異質性的論點提供了有力支持。值得注意的是,不同年齡段(≥60歲或<60歲)患者間具有不同的突變背景,表明年齡可能是胃癌患者基因組圖譜鑒定的重要影響因素。此外,僅有43.8%(126人)未攜帶TP53體系突變,且其中多達41.3%(52人)的TP53野生型患者中罕見基因組體系突變,表明其腫瘤突變負荷極低,提示TP53可能是胃癌患者分層的一個潛在分子特征。
上述結論在包含873名胃癌患者基因組信息的Cbioportal公共數據庫中進行了驗證,證實了在以TP53突變狀態和年齡分組下,CDH1、HER2和PIK3CA與TMB的相關性。我們進一步對35名曾接受了免疫治療的胃癌患者進行了生存分析,發現在TP53突變或年齡≥60歲的患者群體中,攜帶PIK3CA突變的患者能夠更好的響應免疫治療,患者總生存期相比非攜帶者更長、預后更好,盡管這一趨勢由于樣本量較小而未表現出統計學顯著性差異。